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恶意的程序：大家最熟悉的恶意程序就是病毒，很多人认为病毒对数据的影响仅仅是病毒的破坏性，这是不正确的，实际上病毒的感染本身就是一种破坏，一个病毒无论他借助修改你的引导区、可执行程序还是OFFICE文档，他都把你正常的数据做了改变，当然，你可能举良性伴随性病毒这种极端的例子。但毫无疑问，他同样对数据构成了破坏，至少他减少了你的硬盘的可用空间。同时，恶意的程序还包括特洛伊木马，逻辑炸弹等等。恶意的程序造成的破坏可能是最难恢复的。
其他恶意的破坏，即使不借助病毒或者其他的工具，只要拥有足够的权限，任何系统都有一定的“自毁”能力。比如依靠系统正常的删除、移动、格式化等操作也可以达到破坏数据的目的。随着网络技术的发展，威胁已经不仅仅限于本机。
NDD：常见的FAT文件结构磁盘修复工具，就是著名的NORTON磁盘医生，可以自动修复分区丢失等情况，可以抢救软盘坏区中的数据，强制读出后搬移到其他空白扇区。希望大家不要再使用NORTON FOR DOS7或8的NDD，这个版本由于不支持大分区、FAT32、长文件名等技术，会给你带来大量的麻烦。建议大家使用Norton Utilities4或更高版本中的NDD.EXE，这是纯DOS下的工具。在硬盘崩溃或异常的情况下，他可能可以带给用户以希望。WIN9X下的磁盘医生调用的并不是这个程序，而是NDD32.EXE。
有效而及时的备份中是数据恢复最可靠的来源，在许多人倡导备份到秒的今天，恐怕不会有人怀疑这点。而有些备份机制则是系统内建的，比如两份FAT表。
数据的实际有效性的判定是关键，对我们来说，硬盘无法自举、文件找不到、文件打不开等现象，其实并不与数据丢失画等号。因为此时往往数据只是从操作系统的角度是一种逻辑丢失，而从物理扇区意义上，它仍然存在或部分存在。最明显的就是文件删除的例子，事实上，这只是把文件首字节，改为0E而已。而此时文件体依然存在。