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恶意的程序：大家最熟悉的恶意程序就是病毒，很多人认为病毒对数据的影响仅仅是病毒的破坏性，这是不正确的，实际上病毒的感染本身就是一种破坏，一个病毒无论他借助修改你的引导区、可执行程序还是OFFICE文档，他都把你正常的数据做了改变，当然，你可能举良性伴随性病毒这种极端的例子。但毫无疑问，他同样对数据构成了破坏，至少他减少了你的硬盘的可用空间。同时，恶意的程序还包括特洛伊木马，逻辑炸弹等等。恶意的程序造成的破坏可能是最难恢复的。
其他恶意的破坏，即使不借助病毒或者其他的工具，只要拥有足够的权限，任何系统都有一定的“自毁”能力。比如依靠系统正常的删除、移动、格式化等操作也可以达到破坏数据的目的。随着网络技术的发展，威胁已经不仅仅限于本机。
操作系统或应用软件的错误：随着操作系统和应用程序的代码量的成倍增加，BUG也在不断增加。我们最常用的桌面系统WIN9X就是一个BUG大王。操作系统和应用软件的错误，往往会给人的工作带来一些不可预期的影响。比如前阶段，发现FRONTPAGE98的一个BUG，触发后会把你目录下的文件全部删除，另外，象著名的游戏神话II，出现了如不安装在默认目录中可能会使你丢失扩展分区这样严重的问题。
有效而及时的备份中是数据恢复最可靠的来源，在许多人倡导备份到秒的今天，恐怕不会有人怀疑这点。而有些备份机制则是系统内建的，比如两份FAT表。
数据的实际有效性的判定是关键，对我们来说，硬盘无法自举、文件找不到、文件打不开等现象，其实并不与数据丢失画等号。因为此时往往数据只是从操作系统的角度是一种逻辑丢失，而从物理扇区意义上，它仍然存在或部分存在。最明显的就是文件删除的例子，事实上，这只是把文件首字节，改为0E而已。而此时文件体依然存在。